Tuy nhiên, du lịch cũng sinh ra những tác động tiêu cực. Ví như nghi lễ nhảy lửa của người Pà Thẻn khi thành sản phẩm du lịch đã được sân khấu hóa, cắt gọt phần nghi lễ, bỏ không gian thiêng, tách phần nhảy lửa khỏi tổng thể tín ngưỡng, chỉ còn tiết mục văn nghệ nhỏ lẻ là diễn xướng, nhảy lửa. Ví như việc phát triển các điểm du lịch dễ làm mất đi tính nguyên bản của di sản. Ấy là chưa kể những ảnh hưởng đến môi trường, đến nếp sống văn hóa bản địa, là xu hướng “thương mại hóa” ở một số quần thể di tích tâm linh, công tác quản lý di sản nhiều bất cập; một số cá nhân lợi dụng di sản văn hóa trục lợi bất chính...

Chính vì vậy, gắn di sản văn hóa với du lịch cần quan tâm đến vai trò của chủ nhân di sản. Đồng bào dân tộc thiểu số - những chủ nhân của di sản hầu hết vẫn nghèo, thiếu vốn để kinh doanh du lịch, lại chưa được chia sẻ lợi ích công bằng với doanh nghiệp làm du lịch. Vì vậy chưa khuyến khích được người dân tham gia vào chuỗi hoạt động du lịch bền vững, chưa phát huy được vai trò chủ thể của người dân trong bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa, đồng thời đặt ra nhiều khó khăn trong giải quyết các vấn đề xã hội khác.

Mặt khác, cần phát huy vai trò của các nhà khoa học, nhà tư vấn trong việc bảo tồn và phát huy di sản, vai trò của  nhà nước trong việc quản lý di sản và điều hòa lợi ích giữa các bên; tạo thành sự kết hợp hữu cơ, mật thiết giữa người dân, doanh nghiệp, nhà khoa học và cơ quan quản lý nhà nước.  

Có như vậy, mới thực sự gắn di sản văn hóa với du lịch, vừa nâng cao giá trị di sản, vừa nâng cao thu nhập cho người dân với vai trò là chủ thể của các di sản.