Nhà Mạc chiếm được từ bắc Thanh Hóa ra vùng đồng bằng và trung du bắc bộ, nhưng phía Tây Nghệ An, Thanh Hóa, Thiên Quan ở Tây Ninh Bình và hai xứ Hưng Hóa và Tuyên Quang Nhà Mạc không chiếm được. Nhà Mạc có đánh lên Tuyên Quang, nhưng chỉ tiến quân lên Tuyên Quang theo hướng châu Thu Vật (nay là huyện Yên Bình, tỉnh Yên Bái) mà không tấn công vào hướng huyện Phúc Yên (tức là TP Tuyên Quang có thành cổ hiện nay) hay một hướng nào khác của Tuyên Quang.

Sở dĩ Mạc chỉ tấn công vào châu Thu Vật, đặc biệt vào hữu ngạn sông Chảy vì hai lý do sau:

Thứ nhất: Đây là nơi đóng đại bản doan của Vũ Văn Uyên, người dám tổ chức lực lượng phò Lê chống lại nhà Mạc trong 65 năm liền và trấn giữ ở đây 172 năm từ 1527 đến năm 1699, diệt được Vũ Văn Uyên và Vũ Văn Mật là dập tắt được âm mưu phò Lê chống Mạc của dòng họ Vũ ở Tuyên Quang.

Thứ hai:  Đây là nơi có xã Đại Đồng là trấn lỵ của Tuyên Quang thời nhà Lê từ thời vua 

Lê Chiêu Tông lên ngôi (1516 - 1522), (Khâm định Việt sử thông giám cương mục - KĐVSTGCM, trang 167, tập 2 - NXB GD năm 2007), bên hữu ngạn dòng sông Chảy, là nơi dân cư đông đúc, kinh tế phát triển mạnh. Đánh  chiếm được nơi này coi như Nhà Mạc đã chiếm và bình định được Tuyên Quang. 

Vì thế, trong suốt 65 năm thời Nam Bắc triều, đến cả khi nhà Mạc suy vong, bỏ kinh đô chạy lên Cao Bằng đến khi bị tan rã hoàn toàn vào năm 1683, suốt 156 năm ấy (1527 - 1683), Nhà Mạc bốn lần tiến công lên Tuyên Quang, nhưng chỉ tiến quân theo hướng đánh vào châu Thu Vật, nhưng cả bốn lần đều bị họ Vũ đánh bại, buộc phải rút quân mà không chiếm nổi Tuyên Quang.

Sau khi Vũ Văn Uyên mất, em trai là Vũ Văn Mật lên trấn giữ Tuyên Quang thay anh. Từ điển mở Wkipedia viết về Vũ Văn Mật như sau: “Sau khi nối quyền của anh là Vũ Văn Uyên, ông tự xưng là Gia quốc công, cho dời căn cứ từ thành Nghị Lang xây thành đắp lũy trên gò Bầu. Từ đó, nhân dân thường gọi ông là “Chúa Bầu” hoặc “Vua Bầu”. Các đời sau hùng cứ một vùng ở thành Bầu đều được gọi chung là chúa Bầu. Các thành mà ông xây dựng gồm thành Nghị Lang ở Lương Sơn - Lục Yên; thành Cát Tường ở Khánh Vân - Lục Yên; thành Bắc Pha ở xã Đà Dương - Lục Yên; thành Bình Ca ở Hàm Yên (Tuyên Quang); thành Việt Tĩnh ở Diên Gia - Châu Thu (Lục Yên - Yên Bình - Yên Bái) về sau đều được gọi chung là thành Bầu. Sách Kiến văn tiểu lục của Lê Quý Đôn ghi: thời Lê Chiêu Tông, Mạc Đăng Dung nổi lên lật đổ nhà Lê, quân của Vũ Văn Uyên đóng làm 11 doanh... cùng tiếp sức với vua Lê đánh Đăng Dung”.

Qua các sách địa chí như: Tuyên Quang trong Kiến văn tiểu lục của Lê Quý Đôn; Tuyên Quang phong thổ ký của Đặng Xuân Bảng; Đại Nam nhất thống chí của Quốc sử quán nhà Nguyễn; Đại Nam dư địa chí ước biên của của Tổng tài Cao Xuân Dục; Địa danh làng xã Việt Nam thế kỷ 19 của Viện Hán - Nôm; Địa danh và tài liệu lưu trữ về làng xã ở Bắc Kỳ của Viễn đông bác cổ... cho thấy toàn bộ các địa danh này đều thuộc đất Tuyên Quang, do anh em họ Vũ cát cứ và được giao trấn giữ tới 172 năm, bắt đầu từ thời vua Lê Chiêu Tông, sang Nam - Bắc triều và đến qua thời Nhà Mạc ở Cao Bằng. Tại Tuyên Quang với hệ thống bố phòng dày đặc trên địa hình rộng, dài, núi non hiểm trở, đường đi lối lại cực kỳ khó khăn, nhân dân các dân tộc lại hết lòng ủng hộ và đi theo các ông chống lại Nhà Mạc. Do vậy nhà Mạc không thể đánh chiếm được Tuyên Quang, do vậy không thể xây thành cổ giữa lòng Thành phố Tuyên Quang hiện nay.