Xã Thông Nguyên được sáp nhập từ xã Xuân Minh, huyện Quang Bình và xã Thông Nguyên, huyện Hoàng Su Phì, tỉnh Hà Giang cũ. Xã nằm ở khu vực phía Tây của tỉnh có diện tích trên 105km2 với 23 thôn, trên 6.200 khẩu, 70% dân số là đồng bào dân tộc Dao. Hiện nay, người dân ở 6 thôn: Pắc Pèng, Lùng Lý, Xuân Thành, Phìn Trái, Lang cang, Nậm Chàng với khoảng 400 hộ, trên 2.000 khẩu chưa được sử dụng điện lưới quốc gia.