Mèo Vạc là xã vùng cao biên giới có tuyến sông Nho Quế chảy qua với hoạt động vận tải đường thủy khá tấp nập, chủ yếu là hoạt động trải nghiệm du lịch (tại lòng hồ Thủy điện Nho Quế 1 và lòng hồ Thủy điện Bảo Lâm 3) và vận tải. Hiện nay, toàn tuyến có gần 70 phương tiện thủy nội địa đang hoạt động. Công tác tuyên truyền, kiểm tra, xử lý các phương tiện được Phòng Cảnh sát giao thông, Công an tỉnh Tuyên Quang chú trọng, góp phần đảm bảo an toàn giao thông đường thủy.