Lý Công Uẩn lên ngôi vua ở Hoa Lư mở đầu cho vương triều Lý (1010 - 1225), tức Lý Thái Tổ. Một trong những việc làm có ý nghĩa đầu tiên của vị vua khai sáng triều Lý là rời đô từ Hoa Lư ra Đại La lấy tên là thành Thăng Long. Việc làm này có ý nghĩa rất lớn, phản ánh yêu cầu phát triển mới của nhà nước quân chủ tập trung thời Lý.

Tượng đài Lý Thái Tổ ở Hà Nội.

Bộ máy nhà nước thời Lý là một hệ thống chính quyền từ trung ương đến địa phương với quyền lực tuyệt đối nằm trong tay triều đình đứng đầu là vua. Theo Phan Huy Chú, quan chế đời Lý đại lược có 9 bậc. Bậc Đại thần đứng đầu các hàng văn võ gồm có: Tam thái (Thái sư, Thái bảo, Thái Phó); Tam thiếu (Thiếu sư, Thiếu bảo, Thiếu phó). 

Quan văn thì có Thượng thư, Tả tham tri, Tả hữu gián nghị và Trung thư thị lang, v.v.. Quan võ gồm: Đô thống, Nguyên soái, Tổng quản, Khu mật sứ, Tả hữu kim ngô, Thượng tướng, Đại tướng, Đô tướng, v.v..

Bộ máy của chính quyền trung ương được bổ sung, hoàn thiện dần các chức quan vào các năm 1028 (đời Vua Thái Tông) và năm 1080 (đời Vua Nhân Tông)... 

Hàng ngũ quan lại của triều đình ở các địa phương: quan văn ở các lộ, phủ, châu là Tri phủ, Quân phủ, Tri châu. Quan võ ở các lộ, trấn, trại là Quan binh và Trấn thủ. Ở bên ngoài các lộ, trấn, trại đều đặt các quan và binh trấn giữ. 

Trước một sự thật là chính quyền ở các châu miền núi thời Lý vẫn nằm trong tay tầng lớp thống trị ở địa phương (như các tù trưởng ở các động). Các vua Lý đã dùng chính sách nhu viễn để ràng buộc đối với các địa phương xa (đặc biệt là ở miền biên viễn), nơi mà bộ máy chính quyền trung ương chưa thực sự kiểm soát được. Chính sách nhu viễn của triều đình nhà Lý có hai mặt: mua chuộc tầng lớp thống trị ở miền núi và khi cần cũng có thể trấn áp bằng quân sự. Triều đình trung ương cho phép các tù trưởng địa phương thực sự quản lý vùng đất của mình, cha truyền con nối nhưng trên nguyên tắc phải thần phục và hằng năm phải nộp cống phú. Các châu thuộc địa bàn của Tuyên Quang cũng nằm trong trường hợp như vậy. Ở châu Vị Long có họ Hà từng thế tập nhiều đời quản lý vùng đất này. 

Một trong những chính sách tương đối có hiệu quả của nhà nước Lý đối với vùng dân tộc thiểu số là dùng hôn nhân để lôi kéo các tù trưởng có thế lực. Lý Thái Tổ, vị Vua đầu tiên của nhà Lý đã gả con gái cho tù trưởng động Giáp ở Lạng Châu là Thân Thừa Quý. Con trai Thân Thừa Quý là Thân Thiệu Thái cũng được Vua Lý Thái Tông gả công chúa Bình Dương vào năm 1029. Con Thân Thiệu Thái là Thân Cảnh Nguyên được Lý Thánh Tông gả công chúa Thiên Thành vào năm 1066. Như vậy nhà Lý có thể yên tâm bởi cửa ngõ phía Bắc vào Thăng Long đã được che chở. 

Đối với thủ lĩnh miền núi ở khu vực khác, nhà Lý cũng dùng quan hệ hôn nhân để lôi kéo họ về phía mình. Để ràng buộc họ Hà ở châu Vị Long (Tuyên Quang), năm 1082, Vua Lý Nhân Tông đã gả công chúa Khâm Thánh cho châu mục châu Vị Long là Hà Di Khánh (Xem Đại Việt sử ký toàn thư, Sđd, t.I, tr.281). Ngoài ra, sách Cương mục còn chép sự kiện: Năm 1029,... gả công chúa Trường Ninh cho châu mục châu Thượng Oai (vùng Hòa Bình ngày nay) là Hà Thiện Lãm (Xem Quốc sử quán triều Nguyễn: Khâm định Việt sử thông giám cương mục, Sđd, t.I, tr. 306).

Chính sách khôn khéo này đã ràng buộc được các tù trưởng, khiến họ trở thành những cánh tay quan trọng của chính quyền trung ương. Văn bia Bảo Ninh Sùng Phúc tự bi đã ghi lại mối quan hệ hôn nhân và gia đình triều đình nhà Lý và các thế hệ tù trưởng họ Hà nối tiếp làm châu mục châu Vị Long. Đó là một trong những minh chứng cho sự thành công của chính sách dân tộc nhà Lý áp dụng đối với vùng đất Tuyên Quang nói riêng và vùng dân tộc thiểu số nói chung. 

Tấm bia chùa Bảo Ninh Sùng Phúc, xã Yên Nguyên (Chiêm Hoá).

Bộ máy nhà nước phong kiến thời Trần chủ yếu nằm trong tay Đại quý tộc họ Trần. Các chức vị quan trọng đều do tôn thất họ Trần nắm giữ. Để củng cố quyền lợi độc tôn của dòng họ, quý tộc nhà Trần còn thực hiện một chế độ hôn nhân đồng tộc, các tôn thất họ Trần kết hôn với nhau chứ không kết hôn với dòng họ khác. Những ông vua chuyên chế thời Trần đứng ở vị trí độc tôn, có quyền uy tối cao và rất có ý thức về quyền lợi của tập đoàn quý tộc mà mình đại diện. Hình thức truyền ngôi ở thời Trần cũng rất đặc biệt, được thực hiện theo chế độ Thái Thượng hoàng. Khi Thái tử khôn lớn thì được truyền ngôi chính thống, vua cha lui về ở cung Thánh Từ, xưng là Thái Thượng hoàng, nhưng cha con vẫn cùng nhau cai quản đất nước (Xem Đại Việt sử ký toàn thư, Sđd, t.II, tr. 30).

Theo Phan Huy Chú, "Quan chế nhà Trần đại khái lấy tam công (tức tam thái: Thái sư, Thái phó, Thái bảo), tam thiếu (Thiếu sư, Thiếu phó, Thiếu bảo), Thái úy, Tư đồ, Tư mã, Tư không làm các chức trọng yếu đứng đầu hai ban văn, võ. Tể tướng thì gia phong Tả hữu tướng quốc bình chương sự, Tứ tướng thì gia phong Tham tri chính sự nhập nội hành khiển, hoặc gia phong Tả hữu bật tham dự triều chính" (Trần Quốc Vượng, Hà Văn Tấn: Lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam, Nxb. Giáo dục, Hà Nội, 1963, t.II, tr.268). Những chức vụ quan trọng này đều do tôn thất họ Trần nắm giữ. Các vương hầu nhà Trần, ngoài việc nắm giữ những chức vụ trọng yếu ở triều đình, còn được phân phong đi trấn trị khắp nơi như Tĩnh Quốc Khang coi Diễn Châu, Chiêu Văn Vương Nhật Duật coi Thanh Hóa, Chiêu Minh Vương Quang Khải coi Nghệ An, vv.. Vương hầu có quyền lực rất lớn ở vùng mình trấn trị, có thái ấp, phủ đệ và quân đội riêng, con cháu được quyền thế tập coi giữ đất đó.

Các cơ quan trung ương ở thời Trần gồm có quán, các, sảnh, cục, đài, viện. Thí dụ quán, các như Lục bộ, phủ Tông chính, sảnh như Thượng thư sảnh, Môn hạ sảnh, cục như Nội thư hỏa cục, Hậu lục cục, đài như Ngự sử đài, viện thì có Nội xu mật viện, Hàn lâm viện, Thái y viện, v.v.. 

Các cơ quan hành chính và tư pháp ở Kinh đô là Bình bạc ty (sau đổi là Đại An phủ sứ, rồi lại đổi là Kinh sư phủ doãn). Chính quyền cấp lộ (phủ, trấn) có các chức An phủ chánh sứ và Phó sứ, Thông phán, Trấn phủ (còn gọi là Tri phủ). Ngoài ra, ở các lộ còn có các cơ quan chuyên môn chuyên trách các công việc: Hà đê (coi việc đê điều, quan lại có Hà đê chánh sứ và Hà đê phó sứ), Thủy lộ đề hình (trông coi việc giao thông thủy và bộ).

Huyện có các chức Tri huyện (còn gọi là Lệnh úy) và Chủ bạ. 

Châu ở miền núi có các chức Chuyển vận sứ, Thông phán. Các chức quan chỉ huy quân đội địa phương thì có Kinh lược, Phòng ngự, Sát thủ ngự... 

Ở xã (miền xuôi) và sách (miền núi) thì đặt chức Đại, Tiểu tư xã. Tước từ ngũ phẩm trở lên thì được phong chức Đại tư xã, từ Lục phẩm trở xuống thì làm Tiểu tư xã. 

So với thời Lý, hệ thống chính quyền thời Trần chặt chẽ hơn, việc phân nhiệm giữa các cơ quan trung ương rõ ràng hơn. Hệ thống tổ chức quan lại ở địa phương cũng quy củ hơn. 

Năm 1400, nhà Hồ thay thế nhà Trần. Tuy nhiên, do thời gian quản lý đất nước quá ngắn ngủi (1400 - 1407) nên bộ máy hành chính cấp địa phương thời Hồ về đại thể vẫn giống thời Trần. Từ năm 1397, khi chưa lên ngôi vua, Hồ Quý Ly đã cho đổi các lộ ở xa thành trấn như Thanh Hóa đổi làm trấn Thanh Đô, Quốc Oai đổi thành trấn Quảng Oai, Tuyên Quang đổi làm trấn Tuyên Quang, Đà Giang đổi thành trấn Thiên Hưng, Lạng Giang đổi thành trấn Lạng Sơn, v.v. với mục đích tăng cường sự thống trị bằng quân sự. 

Trong suốt thời Trần - Hồ, công việc quản lý các châu huyện vẫn do các thổ tù miền núi đảm nhận, hằng năm cống sản vật địa phương cho triều đình. Nhà nước thời Trần không dùng quan hệ hôn nhân, mà đã cắt đặt đơn vị hành chính cấp trấn, lộ bao khắp vùng ở lãnh thổ thượng du, biên viễn. Đó là các lộ Lạng Giang, lộ Tam Giang; trấn Thiên Quan, trấn Thiên Hưng, trấn Thái Nguyên, trấn Lạng Sơn, trấn Tuyên Quang, do các chức An phủ, Trấn thủ đứng đầu như các trấn lộ khác. Ở châu đặt chức Thông phán và Thiêm phán, ở huyện đặt chức Lệnh úy và Chủ bạ. Ở xã bỏ chức Đại, Tiểu tư xã mà thay bằng đơn vị giáp như trước thời Trần. Quyền hạn ở mỗi cấp cũng được quy định rõ hơn, lộ thống hạt phủ, phủ thống hạt châu, châu thống hạt huyện.

Tuy nhiên, do đặc điểm địa hình và dân cư, ở các vùng này, nhà nước cũng chỉ nắm giữ đến cấp trấn, lộ, còn cấp châu, phủ vẫn tuyển chọn từ các thổ tù, tù trưởng, giao cho họ quản giữ. Nhà nước vẫn không thể can thiệp vào bộ máy hành chính ở cấp địa phương miền núi. Các châu mục chỉ phải cống nạp lâm sản hay khoáng sản để tỏ lòng thần phục. 

Năm Đinh Hợi (1407), nhà Minh diệt nhà Hồ. Với âm mưu sáp nhập nước ta vào bản đồ Trung Quốc, tháng 7-1407 Minh Thành Tổ xuống chiếu đổi An Nam thành quận Giao Chỉ với một tổ chức chính quyền gồm 3 ty lệ thuộc trực tiếp vào triều đình nhà Minh (như một tổ chức chính quyền địa phương Trung Quốc). Trong đó Đô chỉ huy sứ ty (còn gọi là Đô ty) phụ trách quân chính. Thừa tuyên bố chính sứ ty (Bố chính ty) trông coi về dân sự và tài chính. Đề hình Án sát ty (Án sát ty) trông coi về tư pháp. Về hành chính nhà Minh chia đặt quận Giao Chỉ làm 17 phủ thống trị 47 châu, 154 huyện, 1 vệ và 13 sở (Cao Hùng Trưng: An Nam chí nguyên, tư liệu Viện Sử học, q.2). 

Thực hiện chính sách dùng người Việt cai trị người Việt, nhà Minh đã sử dụng nhiều biện pháp để lôi kéo, dụ dỗ quan lại ở các châu huyện vùng núi, nhằm biến họ thành tay sai trung thành của chính quyền đô hộ. Cuối năm 1410, Thượng thư nhà Minh là Hoàng Phúc đã xin với Minh Thành Tổ "cấp ruộng cho các thổ quan, tùy theo phẩm cấp để cho người cày cấy thu tô thay cho bổng lộc...". Đầu năm 1411, Trương Phụ đã được lệnh cấp bằng cho thổ quan các phủ, châu cai quản quân lính, những người thuộc thiên trưởng, bách trưởng lấy làm chỉ huy thiên hộ (Viện Sử học: Lịch sử Việt Nam, Nxb. Khoa học xã hội, Hà Nội, 2007, t.III, tr.65).

Trong khoảng hai thập niên kể từ khi nhà Minh thiết lập ách cai trị ở nước ta cho đến khi chúng rút hết quân về nước, Tuyên Quang nằm trong châu, rồi phủ Tuyên Hóa. Quá trình xếp đặt các đơn vị hành chính cấp châu, phủ, huyện của Tuyên Quang và nhiều địa phương khác thường xuyên thay đổi, nhưng về cơ bản chức năng của bộ máy chính quyền vẫn giữ nguyên. Nhằm tăng cường bộ máy hành chính cấp địa phương, đặc biệt là bộ máy hành chính cấp làng - xã, năm 1419, theo đề nghị của Tổng binh Lý Bân, nhà Minh tổ chức lại xã thôn của nước ta thành lý và giáp như xã thôn của nhà Minh: Cứ 110 hộ lập thành một Lý do một Lý trưởng đứng đầu. Dưới Lý là Giáp gồm 10 hộ do một Giáp thủ đứng đầu. Lý trưởng có nhiệm vụ thu thuế cho chính quyền đô hộ. Tương đương với lý ở xã thôn là các phường ở nội kinh và các hương ở ngoại kinh.