Chủ tịch Hồ Chí Minh chủ trì phiên họp Hội đồng Chính phủ tại thôn Lập Binh, xã Bình Yên, huyện Sơn Dương vào tháng 3/1951.

Tháng 6-1949, Văn phòng Chủ tịch phủ sáp nhập với Văn phòng Thủ tướng phủ thành Văn phòng Chủ tịch phủ - Thủ tướng phủ, có bí danh là Ban kiểm tra 12. Cuối năm 1949, Văn phòng Hội đồng quốc phòng tối cao sáp nhập vào Văn phòng Chủ tịch phủ, Thủ tướng phủ. Từ đây cho đến hết cuộc kháng chiến, dù có lúc cơ quan di chuyển đến một số địa điểm khác trên đất Tuyên Quang: xã Tân Trào, huyện Sơn Dương (1947-1948; 1948-1949); xã Kiên Đài, huyện Chiêm Hóa (1950-1951); xã Kim Quan, huyện Yên Sơn (1953-1954)... song thôn Lập Binh vẫn là trụ sở chính của cơ quan.

Văn phòng Chủ tịch phủ - Thủ tướng phủ có các phòng, ban:

Phòng Bí thư của Chủ tịch phủ do ông Vũ Đình Huỳnh phụ trách; Phòng Thư ký Hội đồng Chính phủ do Thứ trưởng Cù Huy Cận làm Tổng Thư ký; Phòng Bí thư của Phó Thủ tướng do ông Trần Việt Phương làm Trưởng phòng; Phòng nghiên cứu (chia thành phòng 4a chuyên về nội chính, phòng 4b chuyên về kinh tế);

Các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước và cán bộ, nhân viên các cơ quan Trung ương chúc thọ Chủ tịch Hồ Chí Minh nhân kỷ niệm 60 năm ngày sinh của Người, tại thôn Lập Binh, xã Bình Yên, huyện Sơn Dương vào tháng 5/1950.

Phòng Y tế và đặc trách chăm lo sức khỏe của Chủ tịch Hồ Chí Minh do Bác sĩ Lê Văn Chánh phụ trách; Ban Kinh tế Chính phủ do ông Bùi Công Trừng làm Trưởng ban; Ban Huấn học do ông Hà Phú Hương làm Trưởng ban.

Tháng 12-1949, Ban Thanh tra Chính phủ thành lập, cũng đóng tại thôn Lập Binh. Văn phòng Chủ tịch phủ - Thủ tướng phủ là bộ máy tham mưu giúp việc Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, tham mưu những quyết sách giúp Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ lãnh đạo cuộc kháng chiến, điều hành Chính phủ kháng chiến, tổng hợp tình hình công tác của các bộ, ban, ngành, ủy ban hành chính các liên khu, các tỉnh; truyền đạt sự chỉ đạo của Chính phủ đến các bộ, các địa phương; phục vụ hoạt động đối ngoại. Văn phòng là bộ phận hoàn tất văn bản để ban hành sắc lệnh của Chủ tịch nước, nghị định, thông tư của Thủ tướng Chính phủ, các văn bản của Hội đồng Quốc phòng.