14 đội tranh tài được chia làm hai bảng đấu. Bảng A gồm bảy đội: Hải Nam Vĩnh Phúc, Kon Tum, Lâm Đồng, PVF, Hòa Bình, Trẻ SHB Đà Nẵng, Trẻ Quảng Nam; bảng B cũng có bảy đội: Đồng Nai, Đồng Tháp, Gia Định, Tiền Giang, Bình Thuận, Trẻ TP Hồ Chí Minh, Vĩnh Long. Theo đánh giá của giới chuyên môn, bảng A tập trung nhiều đội bóng mạnh hơn cho nên tính cạnh tranh cũng cao hơn.

Ở mỗi bảng đấu, các đội thi đấu vòng tròn lượt đi từ 4-5 đến 3-6 và lượt về từ 5-7 đến 4-8, trên sân nhà và sân khách. Sau vòng đấu bảng, hai đội nhất nhì mỗi bảng sẽ vào vòng chung kết đấu chéo theo thể thức nhất bảng A gặp nhì bảng B và nhì bảng A gặp nhất bảng B đồng loạt vào ngày 12-8. Đội bóng nào thắng ở vòng chung kết sẽ giành đồng giải nhất hạng nhì và quyền lên chơi chuyên nghiệp ở giải hạng nhất 2022.