Năm 1947, Văn phòng Bộ Giao thông - Công chính chuyển đến thôn Đồng Đon, xã Minh Thanh, huyện Sơn Dương.

Từ năm 1948, Bộ Giao thông - Công chính đặt trụ sở ở thôn Cầu Trắng, xã Hợp Thành, huyện Sơn Dương. Tháng 9-1951, chuyển đến thôn Nà Nghè, xã Tân Thịnh, huyện Chiêm Hóa. Năm 1953, chuyển về địa điểm cũ ở xã Hợp Thành ở và làm việc tại đây đến ngày kháng chiến thành công. 

Bộ Giao thông - Công chính do ông Trần Đăng Khoa làm Bộ trưởng, ông Lê Dung làm Thứ trưởng. Ngoài Văn phòng Bộ, các đơn vị trực thuộc gồm: 

- Trường Cao đẳng Giao thông - Công chính: Đóng tại xã Lang Quán, huyện Yên Sơn. 

- Sở Vận tải: Thành lập tháng 12-1951, có nhiệm vụ tổ chức vận tải quốc gia, hướng dẫn các tổ chức vận tải của nhân dân.

- Nha Công chính hoả xa: Thành lập tháng 12-1951. Kỹ sư Bùi Văn Các làm Giám đốc. Nha có nhiệm vụ tham mưu cho Bộ, kiểm tra, nắm tình hình công việc ở các địa phương về giao thông, thủy lợi. Nha có phòng thiết kế đồ án giao thông.

- Nha Công chính: Thành lập tháng 11-1953 do việc chia tách Nha Công chính hỏa xa thành Nha Giao thông và Nha Công chính, phụ trách các công tác thủy nông, đê điều và các công việc có liên quan. 

- Nha Giao thông: Thành lập tháng 4-1953. Nha Giao thông có nhiệm vụ phụ trách giao thông, đường bộ, đường sắt, đường sông. Nha Giao thông tổ chức sửa chữa các tuyến Quốc lộ 2, 3, 13, các trục đường chủ lực của An toàn khu. Tại An toàn khu, Bộ Giao thông Công chính đã bắc một cây cầu treo qua sông Phó Đáy bằng dây thép, sàn gỗ, lát phên nứa, gọi là cầu Lê Dung. Tháng 7-1953, thành lập đoàn xe ô tô trực thuộc Nha Giao thông. 

- Nha Bưu điện: Năm 1950, Nha Bưu điện Việt Nam chuyển đến thôn An Quỳnh, xã Phúc Thịnh, huyện Chiêm Hóa. Tháng 6-1951, đổi tên thành Nha Bưu điện Vô tuyến điện. Cuối năm 1951, Nha sơ tán vào làng Gianh, xã Tân Thịnh, huyện Chiêm Hóa. Một thời gian sau chuyển lại về thôn An Quỳnh, xã Phúc Thịnh. Năm 1952, Nha chuyển đến xã Phù Lưu, huyện Hàm Yên; năm 1953, chuyển đến xã Kỳ Lâm, huyện Sơn Dương.