Năm 1947, Bộ Y tế di chuyển lên thôn Cầu Bì, xã Tú Thịnh, huyện Sơn Dương. Năm 1949, Bộ ở và làm việc tại xã Hòa Phú, huyện Chiêm Hóa. Năm 1950, Bộ chuyển về xã Hoàn Long (nay là xã Tân Long, huyện Yên Sơn và xã Tràng Đà, thành phố Tuyên Quang) ở và làm việc tại đây cho đến khi về tiếp quản Hà Nội, năm 1954. 

Bộ Y tế do bác sĩ Hoàng Tích Trí là Bộ trưởng, bác sĩ Tôn Thất Tùng và bác sĩ Nguyễn Kinh Chi là Thứ trưởng. 

Bộ Y tế có nhiệm vụ chỉ đạo hoạt động y tế và cung cấp cán bộ, các thiết bị, phương tiện, dụng cụ y tế, thuốc men cho các liên khu, các tỉnh. Đồng thời, nghiên cứu sản xuất vắc xin, thuốc chữa bệnh, tổ chức khám chữa bệnh cho cán bộ, bộ đội, nhân dân. 

Văn phòng Bộ, ngoài các phòng phụ trách tổ chức, hành chính... có: Vụ Phòng bệnh chữa bệnh, làm nhiệm vụ hướng dẫn, chỉ đạo công tác phòng bệnh cho hệ thống các bệnh viện cả nước, do bác sĩ Nguyễn Văn Tín phụ trách; Vụ Bào chế có nhiệm vụ cung cấp thuốc men, dụng cụ y tế cho các bệnh viện tuyến tỉnh. Vụ do dược sĩ Trương Công Quyền phụ trách. 

Bộ có các đơn vị trực thuộc: 

- Viện Vi trùng học Trung ương (trước kia là Viện Pasteur, năm 1949 đổi tên thành Viện vi trùng học): Do bác sĩ Hoàng Tích Trí là Viện trưởng, làm nhiệm vụ sản xuất vắc xin phòng bệnh đậu mùa, giữ thuốc giống vi trùng tả thương hàn. Viện còn tham gia chỉ đạo các hoạt động vệ sinh phòng bệnh trong vùng tự do trên cả nước. 

- Bệnh viện cán bộ (tiền thân là một bộ phận của Bệnh viện Bạch Mai): Có khoảng 20 bác sĩ, y sĩ, hộ lý với 20 giường bệnh. Bệnh viện làm nhiệm vụ cấp cứu, điều trị cho cán bộ các cơ quan Trung ương đóng trong An toàn khu.

- Bệnh viện Tai - Mũi - Họng: được thành lập đầu năm 1953, làm nhiệm vụ khám chữa bệnh tai, mũi, họng cho cán bộ và nhân dân, đào tạo cán bộ chuyên khoa cho trường Đại học Y khoa. Bác sĩ Trần Hữu Tước phụ trách bệnh viện.          

                                                                                      Vũ bé (Theo các tài liệu lịch sử)