Bến Bình Đông được hình thành từ thế kỷ XIX, trong quá trình phát triển đô thị Gia Định - Sài Gòn. Cùng với các bến khác ở Sài Gòn xưa như: Bến Thành, bến Nghé, bến Hàm Tử, bến Chương Dương, bến Bạch Đằng..., bến Bình Đông là cửa ngõ giao thông và đầu mối giao thương quan trọng của Sài Gòn cùng các vùng lân cận, đặc biệt là miền Tây Nam Bộ. Trong lịch sử, bến Bình Đông từng là trung tâm buôn bán nhộn nhịp nhất nhì Sài Gòn - Chợ Lớn.

Từ thế kỷ XVIII, nơi đây đã hình thành cộng đồng người Hoa di dân từ Cù lao Phố (Biên Hòa, Đồng Nai) tới hai bên kênh Tàu Hủ lập nghiệp và buôn bán - là tiền đề lập nên bến Bình Đông. Nơi đây hiện còn dãy nhà cổ của người Hoa được xây từ đầu thế kỷ XX, với những công trình kiến trúc quan trọng, tạo nên cảnh quan không gian đô thị đặc trưng của bến Bình Đông. Dãy nhà này được xây theo kiểu nhà phố liền kề với tổng chiều dài hơn 100m, cao hai tầng, mái lợp ngói, có chức năng vừa để ở, vừa buôn bán. Hiện nay, dãy phố đã có nhiều biến đổi, song vẫn giữ được cấu trúc chung. Phần lớn tầng trệt dãy nhà vẫn được sử dụng làm nơi kinh doanh. Nhiều ngôi nhà vẫn giữ được hình hài ban đầu.

Đối diện với dãy nhà cổ là bến thuyền trên kênh Tàu Hủ. Mặc dù bến thuyền không còn tấp nập như xưa, nhưng nơi đây vẫn là điểm neo đậu của những thuyền buôn từ nơi khác đến thành phố Hồ Chí Minh, mang theo hàng hóa chủ yếu là trái cây, hoa, nông sản... Hàng từ ghe, thuyền được chuyển lên bến bán tại chỗ, hình thành nên một không gian chợ tấp nập từ xưa đến nay. Hình ảnh những con thuyền và chợ trên bến Bình Đông đã trở nên quen thuộc, mang vẻ đẹp dung dị, gợi những ký ức xưa cũ về một thành phố hiện đại và hoa lệ.

Bến Bình Đông không chỉ là nơi lưu dấu lịch sử phát triển của Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh, mà còn là không gian di sản văn hóa - kiến trúc đô thị. Hiện tại, chính quyền thành phố đã có đề án cùng những giải pháp để bảo tồn không gian đô thị độc đáo này.