Theo các chuyên gia về công nghệ sinh học và dinh dưỡng, nguyên liệu chủ yếu để làm nem chua là thịt sống lên men. Chế biến nem chua là quá trình lên men Lactic từ thịt sống và không trải qua bất kỳ công đoạn xử lý nhiệt nào. Các vi sinh vật giúp nem chín phát triển trong nguyên liệu và trong lá gói. Những vi sinh vật này có hai nhóm có lợi và có hại.

Quá trình lên men Lactic sẽ giúp vi sinh vật có lợi phát triển và ức chế vi sinh vật có hại. Các nhóm sinh vật có hại gây bệnh có thể có trong nem chua là Salmonella, Shigella, E.coli, Coliform…

Do đặc thù là thịt sống được làm chín bằng sinh học, không phải chín bằng nhiệt nên không thể diệt được các vi khuẩn, vi rút gây bệnh và các ký sinh trùng đường ruột. Nguyên liệu thịt lợn sống để làm nem còn có thể chứa các ấu trùng sán gạo, sán dây lợn. Khi ăn phải ấu trùng có thể gây bệnh cho con người.

Bộ Y tế khuyến cáo người dân nên tuân thủ ăn chín, uống sôi và cân nhắc khi sử dụng các món chế biến từ thịt lợn chưa chín như nem chua, nem chạo, tiết canh để bảo đảm an toàn sức khỏe cho bản thân, gia đình.