Tuy nhiên bên cạnh những mặt làm được, công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng vẫn còn một số hạn chế: “Công tác tư tưởng có nơi, có lúc chưa thực sự được cấp ủy coi trọng, chưa kịp thời, tính thuyết phục chưa cao”. (Văn kiện đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII, tập 1, trang 90). Công tác đấu tranh phản bác, ngăn chặn các thông tin xấu độc, quan điểm sai trái, thù địch, có lúc, có nơi còn bị động, thiếu sắc bén, tính chiến đấu chưa cao. Năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của một số tổ chức cơ sở Đảng còn thấp. “Một bộ phận cán bộ, đảng viên phai nhạt lý tưởng, giảm sút ý chí, ngại khó, ngại khổ, suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” (sách đã dẫn trang 92). Bên cạnh đó, bốn nguy cơ mà Đảng chỉ ra vẫn còn tồn tại, có mặt gay gắt hơn. Trước những thách thức đó, việc đẩy mạnh hơn nữa công tác xây dựng và chỉnh đốn Đảng thật sự trong sạch vững mạnh, nâng cao năng lực lãnh đạo, năng lực cầm quyền và sức chiến đấu của Đảng được Đại hội XIII của Đảng xác định là yêu cầu cấp bách “phải được triển khai quyết liệt, toàn diện, đồng bộ, thường xuyên, hiệu quả cả về chính trị, tư tưởng, đạo đức, tổ chức và cán bộ”.

Yêu cầu, nhiệm vụ mới đòi hỏi Đảng, tiếp tục tăng cường xây dựng Đảng về chính trị, coi trọng xây dựng Đảng về tư tưởng. Kiên định, vững vàng trên nền tảng chủ nghĩa Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh, đồng thời không ngừng bổ sung, phát triển sáng tạo phù hợp với thực tiễn Việt Nam. Kiên định mục tiêu độc lập dân tộc và chủ nghĩa xã hội; kiên định đường lối đổi mới. “Đây là vấn đề mang tính nguyên tắc, có ý nghĩa sống còn đối với chế độ ta, là nền tảng vững chắc của Đảng ta, không cho phép ai được ngả nghiêng, dao động”. (sách đã dẫn trang 33).

Trước hết, nâng cao hiệu quả công tác tư tưởng, tạo sự thống nhất trong Đảng, đồng thuận trong xã hội. Công tác tư tưởng phải kết hợp giữa “xây” và “chống”, kết hợp hài hòa, chặt chẽ và hiệu quả giữa xây dựng và chỉnh đốn Đảng, giữa xây dựng với bảo vệ Đảng. Kiên quyết, kiên trì đấu tranh ngăn chặn, đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong nội bộ. Tăng cường bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng, kiên quyết và thường xuyên đấu tranh phản bác các quan điểm sai trái, thù địch của các đối tượng phản động cơ hội chính trị trong và ngoài nước.

Tập trung xây dựng Đảng về đạo đức, nêu cao tinh thần tự giác tu dưỡng, rèn luyện đạo đức của cán bộ, đảng viên gắn với việc học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh. “Làm cho mỗi cán bộ, đảng viên thấy rõ bổn phận và trách nhiệm của mình, luôn vững vàng trước khó khăn, thách thức và không bị cám dỗ bởi vật chất, tiền tài, danh vọng. Nâng cao ý thức tu dưỡng, rèn luyện và thực hành đạo đức cách mạng, tăng cường đấu tranh chống các quan điểm, hành vi phản đạo đức, phi đạo đức” (sách đã dẫn, trang 184).

Công tác cán bộ phải thực sự là “then chốt của then chốt”, “Tập trung xây dựng đội ngũ cán bộ các cấp, nhất là cấp chiến lược đủ phẩm chất, năng lực và uy tín, ngang tầm nhiệm vụ (sách đã dẫn, trang 187). Phát huy vai trò tiên phong, gương mẫu của cán bộ, đảng viên, nhất là người đứng đầu theo phương châm “chức vụ càng cao càng phải gương mẫu”. Giữ gìn kỷ luật, kỷ cương trong thi hành công vụ, đồng thời có cơ chế khuyến khích, bảo vệ những cán bộ, đảng viên “dám nghĩ, dám nói, dám làm, dám chịu trách nhiệm, dám đổi mới sáng tạo, dám đương đầu với khó khăn, thử thách, dám hành động vì lợi ích chung”. (sách đã dẫn, trang 187). Kiên quyết đấu tranh phòng, chống các biểu hiện bè phái, “lợi ích nhóm”, những biểu hiện suy thoái “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”, gây rối, chia rẽ làm mất đoàn kết nội bộ.