Khoa học đã chứng minh, trong sữa tươi nguyên liệu và các sản phẩm từ sữa tươi sống (pho mát mềm, kem và sữa chua) có nhiều loại vi khuẩn tồn tại. Trong đó, Bacillus cereus là loại vi khuẩn sinh độc tố gây nôn mửa và tiêu chảy nặng. Vi khuẩn Coxiella burnetii gây nhiễm ở nhiều loại vật nuôi, là nguyên nhân gây sốt Q, kéo dài 1-2 tuần. Chủng Listeria monocytogenes, là loại vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. Mycobacterium avium, gây bệnh viêm loét đường tiêu hóa (bệnh Crohn). Trực khuẩn M. Bovis có thể gây bệnh lao ở bò và gây các triệu chứng tương tự ở người nếu bị nhiễm.

Các chuyên gia khuyến cáo, người tiêu dùng cần sử dụng sản phẩm sữa tươi đã được tiệt trùng hoặc thanh trùng để phòng tránh nhiễm khuẩn. Sữa tươi tiệt trùng là sữa nguyên liệu đã được làm nóng ở nhiệt độ 136-140 độ C trong thời gian ngắn (4-6 giây) rồi làm nguội nhanh ở 20-25 độ C. Thời gian sử dụng sữa tươi tiệt trùng trong vòng 6 tháng. Sữa tươi thanh trùng là quá trình làm nóng sữa nguyên liệu ở nhiệt độ 75 độ C trong 15 giây rồi được làm lạnh rất nhanh xuống 4 độ C. Sữa tươi thanh trùng sử dụng trong 7-20 ngày.