Ngay khi cuộc kháng chiến chưa kết thúc, Lê Lợi đã chú ý tới việc xây dựng chính quyền, chia cả nước làm bốn đạo: Đông, Tây, Nam, Bắc. Trong đó, Tây Đạo gồm có: Tam Giang, Hưng Hóa, Tuyên Quang và Gia Hưng. Sau khi lên ngôi, Lê Thái Tổ chia cả nước làm năm đạo, gồm bốn đạo cũ (Đông, Tây, Nam, Bắc) và thêm đạo Hải Tây (từ Thanh Hóa đến Thuận Hóa). Tuyên Quang vẫn thuộc Tây Đạo.

Đứng đầu mỗi đạo, nhà Lê cho đặt chức Hành khiển chuyên việc “sổ sách kiện tụng về quân dân, những chức ấy đều đứng hàng văn ban, ngang với Tể tướng”. Ngoài ra, ở mỗi đạo lại đặt thêm chức Chánh Tuyên phủ sứ và Phó Tuyên phủ sứ để nắm giữ các việc khác.

An Nam quốc đồ thời Hồng Đức (năm 1490).

Về đơn vị hành chính dưới đạo, Lịch triều hiến chương loại chí chép: “Lại định quan các lộ, các huyện (lộ đặt tri phủ, chưởng ấn sứ, thứ đến các chức trấn phủ sứ, an phủ sứ, tuyên phủ sứ, chiêu thảo sứ; huyện đặt tuần án, chưởng ấn, thứ đến chuyển vận sứ [chuyển vận] phó sứ”1. Theo Dư địa chí, đất Tuyên Quang ở thời điểm này có vị trí “Đông và Bắc giáp Cao, Lạng. Tây và Nam giáp Sơn, Hưng; có 1 lộ phủ, 1 thuộc huyện và 5 châu, 282 xã. Đấy là phên dậu thứ ba ở phương Tây vậy”2.

Năm Quang Thuận thứ 7 (1466), Lê Thánh Tông chia cả nước làm 12 đạo Thừa tuyên, trong đó có đạo Thừa tuyên Tuyên Quang, và lấy 2 đạo ở kinh kỳ đặt làm phủ Trung đô. Tuyên Quang trở thành một đạo Thừa tuyên gồm 1 phủ, 2 huyện, 5 châu. Một số đơn vị trung gian như trấn, lộ bị bãi bỏ để đơn giản bớt hệ thống tổ chức chính quyền, đồng thời tăng cường thêm quyền chi phối của chính quyền trung ương.

Ở mỗi đạo Thừa tuyên, nhà Lê cho đặt 2 ty: Đô ty và Thừa ty. Đô ty gồm các chức Tổng binh và Phó tổng binh. Ở Thừa ty có chức Thừa chánh sứ và Thừa chánh phó sứ; ở phủ có chức Tri phủ và Đồng Tri phủ; ở huyện, châu có chức Tri huyện; châu có chức Tri châu; ở xã có Xã trưởng.

Năm Quang Thuận thứ 10 (1469), Lê Thánh Tông cho định bản đồ của 12 Thừa tuyên trong nước.

Năm Hồng Đức thứ 21 (1490), Lê Thánh Tông chia cả nước thành 13 xứ và phủ Phụng Thiên. Thừa tuyên Tuyên Quang đổi thành xứ Tuyên Quang.

Sông Lô và khu vực thành cổ Tuyên Quang, nay thuộc trung tâm thành phố Tuyên Quang. Ảnh KT

Từ sau năm Hồng Đức thứ 2 (1471), ở mỗi đạo Thừa tuyên, nhà Lê đặt thêm Hiến ty có các chức Hiến sát sứ và Hiến sát phó sứ. Việc tổ chức trọn vẹn 3 ty Đô, Thừa, Hiến ở các Thừa tuyên (hay xứ về sau) với chức nhiệm riêng từng ty đã góp phần ngăn ngừa khuynh hướng cát cứ ở các địa phương, tăng cường quyền lực của chính quyền Trung ương. Điều đó đã khẳng định sự phát triển cao của Nhà nước Trung ương tập quyền thời Lê sơ.

Tháng 5 năm Hồng Đức thứ 27 (1496), Lê Thánh Tông hạ chiếu tuyển chức quan ở Hiến sát sứ ty và chức quan ở phủ, huyện, châu. Theo lời tâu của quan Ngự sử đạo Sơn Nam, triều đình cho phép các châu huyện vùng dân tộc thiểu số có thể chọn những người địa phương làm việc tại các nha môn.

Từ thời Lê Trung Hưng (năm 1533), Gia quốc công Vũ Văn Mật có công phò Lê đánh Mạc được chuyên giữ quyền khống chế trấn Tuyên Quang, đóng tại Đại Đồng, gọi là dinh An Tây. Họ Vũ chuyên chế cả vùng từ Vũ Văn Mật đến Vũ Công Đức trải 5 đời. Khi Vũ Công Đức mất (1669), con là Vũ Công Tuấn được giao trấn giữ Tuyên Quang đã phản bội lại triều đình Lê - Trịnh, đem 3 động Ngưu Dương, Hồ Điệp, Phổ Viên thuộc châu Vị Xuyên cho Trung Quốc. Nhà Thanh nhập 3 động ấy vào phủ Khai Hóa tỉnh Vân Nam.

Sau khi diệt được Vũ Công Tuấn, năm 1689, triều đình gộp hai trấn Hưng Hóa và Tuyên Quang làm một gọi là Tuyên Hưng do trấn thủ Hưng Hóa cai quản. Năm Vĩnh Thịnh thứ 10 (1714) thời Lê Dụ Tông lại chia Hưng Tuyên ra làm hai trấn: Hưng Hóa và Tuyên Quang như cũ, ở mỗi trấn đều đặt chức Lưu thủ. Ba động thuộc châu Vị Xuyên bị nhà Thanh chiếm, triều đình Lê - Trịnh tranh biện mãi để thu hồi lại đất đai đã mất.

Trải hơn 50 năm, đến năm 1728, nhà Thanh phải trả lại cho ta mỏ đồng Tụ Long, phân chia địa giới lấy sông Đổ Chú làm mốc giới. Bia mốc dựng ở địa phận xã Tụ Long, bờ nam sông Đổ Chú ghi rằng: “Địa giới châu Vị Xuyên, trấn Tuyên Quang, nước An Nam, lấy sông Đổ Chú làm căn cứ. Năm Ung Chính thứ 6 ngày 18 ủy sai lũ Binh bộ Tả thị lang Nguyễn Huy Nhuận, Quốc tử giám Tế tửu Nguyễn Công Thái phụng chỉ lập bia này”1.

Từ cuối thời Lê sơ cho đến hết thời Lê Trung Hưng, địa giới cũng như tên gọi cấp hành chính của Tuyên Quang có nhiều thay đổi. Năm Hồng Thuận thứ 4 (1512), trấn Tuyên Quang được đổi tên là trấn Minh Quang.