Theo đó, phạm vi, quy mô quy hoạch có diện tích là 40ha, trong đó, toàn bộ phần đất thuộc Khu vực bảo vệ I và Khu vực bảo vệ II của Di tích quốc gia đặc biệt chùa Vĩnh Nghiêm (theo Hồ sơ xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt), có diện tích là 2,05ha; phần đất mở rộng nằm liền kề di tích, có diện tích là 37,95ha, gồm: Khuôn viên chùa Vĩnh Nghiêm mới được mở rộng về phía Đông (2,74ha); đất dân cư thôn Long Khánh, xã Trí Yên (diện tích 6,20ha); đất bãi ven sông Lục Nam (đoạn chảy qua di tích, diện tích 8,50ha); đất các công trình hạ tầng kỹ thuật (diện tích 4,50ha) và đất nông nghiệp, đất ruộng xen kẹt trong khu vực di tích (diện tích 16,01ha).

Một trong các nội dung quy hoạch là quy hoạch các không gian chức năng thành một tổng thể di tích thống nhất giữa bên trong và bên ngoài khu nội tự (chùa chính - di tích gốc hiện tồn). Trong đó, lấy khu nội tự chùa Vĩnh Nghiêm làm trung tâm để bố cục và tổ chức các không gian kiến trúc cảnh quan bên ngoài di tích phù hợp với yêu cầu về bảo tồn và phát huy giá trị các hạng mục kiến trúc gốc hiện hữu; đồng thời, tái hiện lại một số không gian gắn với di tích như: Chợ chùa, ruộng chùa, làng La cổ truyền. Tôn tạo cảnh quan, bố trí các hạng mục phụ trợ ở bên ngoài khu nội tự hài hòa trong tổng thể kiến trúc chung của toàn khu vực.

Bảo tồn nguyên trạng cấu trúc của khu chùa chính trong khuôn viên khu nội tự chùa Vĩnh Nghiêm. Tổ chức nghiên cứu, đánh giá mức độ hư hại, xuống cấp các hạng mục kiến trúc gốc trong khu nội tự, để đưa ra các giải pháp tu bổ, tôn tạo phù hợp với từng giai đoạn bảo tồn.

Duy trì nhà lưu giữ và trưng bày mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm (mới xây dựng năm 2018), đồng thời, bổ sung các hạng mục công trình phụ trợ cần thiết cho việc bảo tồn và phát huy giá trị di tích như: Tam quan, tháp Phổ Quang, nhà Tổ đệ tam, khu chế tác (phiên bản) mộc bản và in kinh sách, giảng đường Phật học, nhà Tăng, nhà Thiền... tại những vị trí thích hợp; bảo đảm hài hòa, hợp lý với các kiến trúc gốc hiện hữu, kết nối liên thông với nhau bởi hệ thống sân, đường giao thông nội bộ.

Bảo tồn, chăm sóc các loại cây xanh cổ thụ có giá trị; trồng bổ sung vườn mít, vườn thị, các loại cây xanh khác phù hợp với di tích; chỉnh trang, tôn tạo hệ thống sân vườn cảnh quan, đường giao thông trong khu nội tự bảo đảm việc kết nối liên thông giữa các hạng mục bên trong và bên ngoài khu nội tự di tích.

Đối với các công trình phụ trợ khác, gồm: Khu chế tác (phiên bản) mộc bản và in kinh sách, giảng đường Phật học, nhà Tăng, nhà Thiền..., khi triển khai xây dựng hạ tầng kỹ thuật trong khu vực quy hoạch, cần làm rõ quy mô, vị trí xây dựng, kiểu dáng kiến trúc, tầng cao, vật liệu sử dụng, quỹ đất, đáp ứng nhu cầu và công năng sử dụng của từng công trình, bảo đảm chất lượng, thẩm mĩ, không làm ảnh hưởng đến di tích gốc, hài hòa với tổng thể chung của khu di tích.