Tháng 11-1947, ông Phan Kế Toại làm Bộ trưởng, ông Trần Duy Hưng làm Thứ trưởng. Đầu năm 1948, Bộ Nội vụ chuyển đến ở thôn Yên Thượng, xã Trung Yên, huyện Sơn Dương. Cuối năm 1950, chuyển đến thôn Đồng Hương, xã Phúc Thịnh, huyện Chiêm Hóa.

Bộ trưởng Bộ Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà và các đồng chí lãnh đạo Bộ Nội vụ tại Khu di tích trụ sở làm việc của Bộ Nội vụ Chính phủ nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa (thôn Yên Thượng, xã Trung Yên, huyện Sơn Dương).

Bộ Nội vụ còn làm việc tại nhiều nơi khác trên địa bàn huyện Sơn Dương: thôn Đá Lỗ (nay là thôn Đồng Lợi), xã Cấp Tiến (1952-1954); thôn Hồng Thái, xã Tân Trào (1952-1954); làng Niếng, xã Thanh La (nay là xã Minh Thanh) đầu năm 1954.

Bộ Nội vụ có các bộ phận: Văn phòng bộ do Ông Phạm Khắc Hoè làm Đổng lý văn phòng, ông Lê Tất Đắc làm Đổng lý sự vụ.

- Nha Công chức - kế toán: do ông Phạm Văn Thuỵ phụ trách, tham mưu các vấn đề về cán bộ, bộ máy như xây dựng quy chế, lề lối làm việc, quản lý công chức, điều phối cán bộ và quản lý phòng kế toán.

- Nha Pháp chế: do ông Lê Đức Quang phụ trách, co nhiệm vụ xây dựng nền pháp chế cách mạng, thực hiện các quyền tự do dân chủ, tăng cường khối đoàn kết toàn dân.

- Nha Hoa kiều vụ do ông Lý Ban phụ trách. Đến năm 1951, Nha Hoa kiều vụ tách khỏi Bộ Nội vụ.

- Nha Thông tin tuyên truyền do ông Nguyễn Tấn Gi Trọng làm Giám đốc. Năm 1951, Nha Thông tin tuyên truyền được tách khỏi Bộ Nội vụ.

- Nha Công an do ông Lê Giản phụ trách, năm 1953 tách ra khỏi Bộ Nội vụ.

- Nha Thanh tra do ông Tôn Quang Phiệt phụ trách.

Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, Bộ Nội vụ đã xây dựng và quản lý bộ máy các cơ quan của Chính phủ; ban hành quy chế tổ chức các bộ, ngành; quy định việc tổ chức cán bộ trong các bộ của Chính phủ; xây dựng và quản lý chính quyền địa phương các cấp; nghiên cứu và tham mưu chuẩn bị nhiều văn bản về các nội dung khác nhau trong việc xây dựng và quản lý chính quyền địa phương: Hợp nhất Ủy ban kháng chiến và Ủy ban hành chính từ cấp tỉnh đến cấp xã thành Ủy ban kháng chiến hành chính; đồng thời xây dựng chế độ công chức công vụ mới và quản lý cán bộ công chức; lập chế độ công chức mới và thang lương cho các ngạch và hạng công chức Việt Nam; ấn định biên chế; quy định thể lệ tuyển dụng nhân viên cho các công sở; tổ chức thi tuyển các ngạch công chức; mở kỳ thi cán sự hành chính và tham sự hành chính. Bộ Nội vụ đã tham mưu cho Chính phủ để ban hành và thực hiện những vấn đề về hạnh kiểm và kỷ luật đối với công chức xây dựng nền móng chính quyền nhân dân. Bộ còn giúp Chính phủ thực hiện việc tổ chức lập hội và quản lý hội, quản lý các vấn đề về tôn giáo.